Znaki szczególnego zainteresowania Litwą
Od samego początku swego pontyfikatu Jan Paweł II deklarował solidarność z „Kościołem milczenia” w tych krajach, gdzie wolność wyznania była ograniczana, a wierzący – prześladowani. Już podczas uroczystości inauguracji pontyfikatu wypowiedział pozdrowienie po litewsku, zaś później wielokrotnie pozdrawiał Litwinów w ich ojczystej mowie. Szczególny wyraz miały przygotowane w Rzymie wielkie obchody: pięćsetlecia śmierci św. Kazimierza (1984) i sześćsetlecia chrztu Litwy (1987). One przypomniały światu o sowieckim zniewoleniu Litwy i prześladowaniach tamtejszych katolików. W 1987 r., podczas uroczystości jubileuszu chrztu papież ogłosił błogosławionym arcybiskupa Jerzego Matulewicza (1871-1927). W przeddzień upadku komunizmu, w 1988 r. Ojciec święty jeszcze raz dał wyraz swego poparcia i uznania dla Litwy, podnosząc do godności kardynalskiej biskupa Vincentasa Sladkevičiusa (1920-2000).
W dniu 24 grudnia 1991 r. papież ustanowił na terytorium Litwy dwie prowincje kościelne: archidiecezje wileńską i kowieńską wraz z diecezjami. Odpowiednio zostały skorygowane granice sąsiednich diecezji w Polsce i na Białorusi. Znaczenie symboliczne miał fakt, że pochodzący z Polski papież potwierdził w ten sposób przynależność archidiecezji wileńskiej do Litwy.
Z okazji Jubileuszu Roku 2000 Litwini zostali szczególnie wyróżnieni możliwością obchodzenia w Rzymie swoich narodowych dni w ramach uroczystości jubileuszowych. W roku 2001, 21 stycznia Jan Paweł II uzupełnił kolegium kardynałów włączając do niego arcybiskupa wileńskiego Audrysa Juozasa Bačkisa.