Zespół architektoniczny kościoła i klasztoru
Budynki kompleksu rozłożone są wzdłuż osi, która rozpoczyna się brama główną, a zamyka – wieżą dzwonnicy eremitorium (części zabudowanej domkami dla mnichów). Wszystkie zabudowania: forestarium, oficyny, klasztor, a nawet domki eremitów rozplanowane są ściśle według zasady lustrzanej symetrii. Zaraz za bramą dziedzińca otwiera się widok na fasadę kościoła. Wysoko ponad nią wznosi się kopuła (ok. 54 m. wysokości) zbudowana na planie sześciokąta, wskazuje na centralne rozplanowanie przestrzeni kościoła. W wieży fasady znajdował się zegar wybijający kwadranse, zaś na południowej ścianie kościoła do dzisiaj zachował się zegar słoneczny.
Po obu stronach kościoła rozmieszczone są pomieszczenia klasztorne. Na modę włoską wzniesiono otwartą galerię. Eremitorium, otoczone wysokim murem, rozciąga się za kościołem i klasztorem. Eremitorium, a jednocześnie całą os długości zespołu architektonicznego zamyka dzwonnica zbudowana w XVIII w.
Wyraźnym motywem programu ikonograficznego kościoła w Pożajściu jest gloryfikacja Najświętszej Maryi Panny. Wezwanie kościoła odzwierciedlały dwie kompozycje przedstawiające odwiedziny Maryi u św. Elżbiety: pierwsza – rzeźbiona i zdobiąca fasadę, druga – malowana, w przedsionku. Fresk w kopule przedstawia ukoronowanie Matki Bożej, zaś malowidła ścienne na chórze obrazują sceny z jej życia.
W kaplicach, korytarzach, chórach, w pomieszczeniach kapituły i zakrystii stworzono samodzielne tematy ikonograficzne. W poszczególnych kaplicach upamiętniono patronów zakonu kamedulskiego i świętych patronów fundatorów Pożajścia. Malowidła w korytarzach opowiadają historie misji i przybycia pierwszych mnichów na Litwę. Szczególnie ciekawe są freski w południowym korytarzu, przy zakrystii. Przedstawiają życie i męczeństwo św. Brunona z Kwerfurtu (Brunona Bonifacego), którego postać jest łączona z pierwszą wzmianką o Litwie, znalezioną w Roczniku Kwedlinburskim. Brunon przybył na Litwę w celu głoszenia Ewangelii. Udało mu się nawrócić księcia Nethimera, którego ochrzcił w roku 1009 i w tymże roku został zabity przez brata nawróconego księcia. Opowiadające dzieje tej misji freski w Pożajściu są bodaj najstarszymi i jedynymi, które tak wyczerpująco ukazują pierwszy na Litwie chrzest. Sceny namalowane w salach zakrystii i kapituły przedstawiają Ostatnią Wieczerzę i Mękę Pańską.
