Historia
Wzniesiony w końcu XV w. gotycki kościół początkowo poświęcony był Trójcy Świętej. Przypadł mu w udziale los tych świątyń wileńskich, które najbardziej ucierpiały od wichrów historii. Po pożarach z połowy XVIII w. został on odbudowany i przebudowany: prezbiterium znalazło się w przeciwległym niż dotychczas końcu świątyni, dostawiono wieże w miejscu gotyckiej absydy powstał portal. Kościół ten w wiekach XVIII i XIX należał do Uniwersytetu Wileńskiego. Proboszczem był tu rektor uczelni i astronom Marcin Poczobutt. W 1821 r. decyzją administracji carskiej kościół zamieniono na cerkiew, która nieco później stała się cerkwią garnizonową dla załogi Wilna. W 1920 r., na niespełna dwadzieścia lat, kościół zwrócono katolikom. Ostatnim duchownym, który po II wojnie światowej jeszcze tu pracował, był spowiednik i przewodnik duchowy św. Marii Faustyny Kowalskiej (1905-1938), beatyfikowany w 2008 r. ks. Michał Sopoćko (1888-1975). Za zgodą sługi Bożego, wtedy arcybiskupa Mečislovasa Reinysa wprowadził on tu pierwsze w Wilnie nabożeństwa paraliturgiczne (dodatkowe) i kazania w języku rosyjskim. Wkrótce po repatriacji ks. Sopoćki do Polski w 1947 r. jesienią sowieci zamknęli kościół i zamienili go na magazyn przekazując organizacjom sportowym. Później budynek był wykorzystywany jako magazyn i pracownie przedsiębiorstwa renowacji zabytków.
Gdy po odzyskaniu przez Litwę niepodległości zwrócono ten kościół archidiecezji, nie było w nim już żadnych zachowanych elementów wystroju sakralnego. Budynek odrestaurowano i urządzono z myślą o jego przewidywanym, nowym przeznaczeniu. Formalnie dekretem z 8 marca 2004 r. kardynał Bačkis założył tu sanktuarium Miłosierdzia Bożego, w którego głównym ołtarzu miał być czczony łaskami słynący obraz Jezusa Miłosiernego. Świątynię konsekrowano w tym samym roku, w święto Miłosierdzia Bożego. Zaprojektowane przez Nijolė Vilutytė freski i witraże charakteryzują się umiarkowaną kolorystyką, a mówią o związkach sanktuarium Miłosierdzia z pobożnością do Ostrobramskiej Matki Miłosierdzia. Słowa „Jezu, ufam Tobie” powtórzone zostały w kilkunastu językach, w których przybywający z różnych krajów pielgrzymi najczęściej się tu modlą.
