Historia
Kościół parafialny w Kownie ufundował przypuszczalnie wielki książę Witold (~1350–1430). Pierwszy raz jest on wzmiankowany w 1413 r. Parafia kowieńska początkowo należała do diecezji wileńskiej. Na początku XVII w. miejski kościół parafialny nie miał jeszcze części bazylikalnej. Na świątynię składało się prezbiterium i dwupiętrowa zakrystia przy północnej ścianie. W końcu XV w. albo na początku XVI zaczęła powstawać nawowa przybudowa prezbiterium. Wmurowano fundamenty i wzniesiono część ścian, jednak z powodu braku środków prace przerwano i kościół pozostał niedokończony przez następne 120 lat. Po pożarze w roku 1624 postanowiono zakończyć przerwane prace budowlane: w 1655 r. wzniesiono masywne wieże i filary, podwyższono nawę środkową i świątynia nabrała rozmiaru bazyliki.
W latach 1771–1784, dzięki fundacji Stanisława Augusta Poniatowskiego (1732–1798), generalnie odnowiono wystój wewnętrzny: powstało siedem murowanych, wyraziście białych ołtarzy, ambona i chór z organami. Wykonano całość dekoracji rzeźbionych (figur i ornamentów), kościół tym samym nabrał cech artystycznych późnego baroku. Po roku 1795, gdy Litwa straciła państwowość i stała się częścią carskiej Rosji, kościół parafialny przejęli w 1808 r. augustianie, zamieniając na kościół klasztorny. W roku 1864 centrum diecezji żmudzkiej przeniesiono z Worni (lt. Varniai) do Kowna, zaś świątynię przejął biskup Maciej Wołonczewski (1801–1875, lt. Motiejus Valančius), jednak status katedry uzyskała ona dopiero w 1895 r. W związku z uroczystościami konsekracji katedry budowla została przebudowana i odnowiona: w latach 1893-1895 do południowego boku prezbiterium dostawiono kaplicę Najświętszego Sakramentu. Miejsce niemal wszystkich starych obrazów w ołtarzach zajęły nowe, namalowane przez Michała Elwiro Andriollego (1836–1892).
W 1921 r. katedrze nadano tytuł bazyliki mniejszej, zaś po tym, jak w 1926 r. papież Pius XI założył oddzielną litewską prowincję kościelną z centrum w Kownie, świątynia stała się bazyliką archikatedralną. W roku 1935 w południową ścianę archikatedry wbudowano grobowiec duchownego i poety ks. Jonasa Mačiulisa-Maironisa (1862–1932). W latach 1968–1970 przeprowadzono prace remontowo-restauratorskie we wnętrzu kościoła, w wyniku których jego wystrój wyraźnie się zmienił. Wszystkie jego elementy, w tym – rzeźby, pokryto farbami w kolorze popielatej szarości i martwego fioletu, stąd wnętrze świątyni wyglądało dość ponuro aż do renowacji z 2008 r.
W 1997 r. przygotowano i zrealizowano projekt przebudowy prezbiterium zgodnie z wymogami odnowionej liturgii. W 1998 r. do krypty katedralnej przeniesiono ciało zmarłego na emigracji abpa Juozapasa Skvireckasa (1873–1959). W roku 2000, w kaplicy Najświętszego Sakramentu pochowano kardynała Vincentasa Sladkevičiusa (1920–2000), a miejsce pochówku oznaczono płytą z białego marmuru. W następnym roku, w ołtarzu znajdującym się po lewej stronie pierwszego filaru umieszczono obraz Najświętszej Maryi Panny Matki Łaskawej, który od początku XVII w. słynął w mieście łaskami.
