Historia
Nazwa „Troki” początkowo najprawdopodobniej odnosiła się nie do dzisiejszych, ale do Starych Trok, leżących 4 km na południowy wschód od obecnego miasteczka nad jeziorem. Z rozkazu wielkiego księcia w XIII w. zbudowano tam zamek i ustanowiono rezydencję władcy, pełniącą rolę stolicy. Wkrótce jednak stolicę przeniesiono do Wilna. Obecne, tzw. Nowe Troki stały się drugim po Wilnie najważniejszym centrum administracyjnym i politycznym ok. 1375 r., gdy w połowie XIV w. zamieszkał tu wielki książę Kiejstut (~1297–1382), przenosząc się do powstającego na półwyspie trockim zamku. Na przełomie XIV i XV w. powstały mury zamku na wyspie Jeziora Trockiego. W 1409 r. Trokom nadano prawo magdeburskie. XV i XVI wiek uchodzi za okres rozkwitu miasta, którego znaczenie później zmalało.
24 maja 1409 r. wielki książę Witold (~1350–1430) nadał przywilej fundacyjny, mocą którego powstała w Trokach parafia. Wtedy nadano jej wezwanie Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny i św. Jana Ewangelisty. Nie ma przekazów dotyczących daty zakończenia budowy i konsekracji kościoła. Proboszcz trocki wzmiankowany jest po raz pierwszy w 1479 r., co świadczyłoby, że kościół już stał i że odbywały się w nim nabożeństwa. Prawdopodobnie powstał on w drugiej-trzeciej dekadzie XV w. jako gotycka budowla z czerwonej cegły i taki pozostawał do początku XVII w., kiedy to dobudowano przedsionek. W tym czasie świątynia stała się znana w związku z wieściami o cudowności miejscowego obrazu Matki Boskiej. Źródła historyczne mówią o coraz większej liczbie pątników, zaś inwentarze kościoła o rosnącej ilości rzeczowych wyrazów wdzięczności Bogu, związanych z tym obrazem.
W okresie wojny z Moskwą latach 1655-1661 kościół został zniszczony i splądrowany, zaś po niej został odbudowany w stylu barokowym. W 1700 r. przy południowej ścianie prezbiterium dobudowano rodową Kaplicę Romerów. Na początku XVIII w. świątynię ponownie wyremontowano w ramach przygotowań do uroczystości ukoronowania łaskami słynącego obrazu. W okresie powstania kościuszkowskiego (1794) budowla została dotknięta pożarem: wtedy zniszczeniu uległy organy, ucierpiała kruchta i dach. Nie ominęły jej zniszczenia związane z obiema wojnami światowymi, zaś w okresie sowieckim nie zadbano należycie o jej stan. W latach 2007-2008 kościół został poddany starannemu remontowi.