Istorija
XV a. pab. pastatyta gotikinė bažnyčia iš pradžių turėjo Švenčiausiosios Trejybės titulą. Jai teko vienos iš labiausiai nepalankių laikų niokotų Vilniaus šventovių dalia. Po XVIII a. vidurio gaisrų ji rekonstruota įrengiant naują presbiteriją kitame pastato gale ir pristatant bokštus bei portalą vietoj gotikinės apsidės. XVIII–XIX a. priklausė Vilniaus universitetui. Jos klebonu buvo garsusis universiteto rektorius astronomas Martynas Počobutas. 1821 m. carinės valdžios bažnyčia paversta stačiatikių cerkve, kiek vėliau paskirta Vilniaus įgulos karių stačiatikių sielovadai. 1920 m. vėl pertvarkyta į katalikų bažnyčią, tačiau vos dviem dešimtmečiams. Paskutinis bažnyčioje po Antrojo pasaulinio karo pastoviai dirbęs dvasininkas buvo sesers Marijos Faustinos Kovalskos (1905–1938, kanonizuota 2000 m.) nuodėmklausys ir globėjas kun. Mykolas Sopočka (1888–1975, beatifikuotas 2008 m.). Dievo tarnui arkiv. Mečislovui Reiniui pritarus, jis šioje bažnyčioje įvedė pirmąsias Vilniuje pridėtines pamaldas ir pamokslus rusų kalba. Netrukus po kun. M. Sopočkos repatriacijos į Lenkiją 1947 m. rudenį sovietai bažnyčią uždarė ir pavertė sporto draugijos, vėliau restauravimo tresto sandėliu, dirbtuvėmis.
Atkūrus Lietuvos Nepriklausomybę, arkivyskupijai grąžintame pastate nebuvo likę jokių sakralinio interjero detalių. Jis restauruotas ir įrengtas atsižvelgiant į numatytą naująją paskirtį – 2004 m. kovo 8 d. dekretu kard. Audrys Juozas Bačkis čia įsteigė Dievo Gailestingumo šventovę, idant jos centriniame altoriuje būtų gerbiamas malonėmis garsėjantis Gailestingojo Jėzaus atvaizdas. Šventovė pašventinta per tų pačių metų Dievo Gailestingumo iškilmę. Dail. Nijolės Vilutytės sukurtos nuosaikaus kolorito freskos ir vitražai byloja apie Dievo Gailestingumo šventovės ir Aušros Vartuose puoselėjamo pamaldumo Gailestingumo Motinai sąsają. Žodžiai „Jėzau, pasitikiu Tavimi“ užrašyti keliolika kalbų, kuriomis įvairių kraštų piligrimai dažniausiai meldžiasi Šventovėje.
